fix .gitignore, Makefile and README.md for 2011/dlowe

Unpack the `dlowe-aux-data.tar.bz2` compressed tarball
but keep the file as it is used in a try example.

Make `earlystop.pl` executable.
This commit is contained in:
Landon Curt Noll committed 2023-03-23 20:55:05 -07:00
1 parent f3c988e374
commit 8197f10bae
50 files changed
+2409 -94

No files matched your search

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Compte-rendu de la réunion STRQDS du 04/06/04 (10H/17H)
CNAM-Paris
Présents:
--------
Simonot-Lion Françoise (LORIA, Nancy - simonot@loria.fr)
Song YeQiong (LORIA, Nancy - song@loria.fr)
Rebeuf Xavier (LORIA, Nancy - rebeuf@loria.fr)
Babau Jean-Philippe (CITI, Lyon - jean-philippe.babau@insa-lyon.fr)
André Charles (I3S, Nice - andre@unice.fr
Burroni Nicolas (CNAM, Paris - mburron@yahoo.com)
Dutheillet Claude (LAMSADE, Paris + CRESTIC, Reims -
patrice.moreaux@univ-reims.fr)
Sadeg Bruno (LIH, Le Havre - bruno.sadeg@univ-lehavre.fr)
Mammeri Zoubir (IRIT, Toulouse - mammeri@irit.fr)
Mellouk Abdelhamid (LIIA, Université Paris XII - mellouk@univ-paris12.fr
Ziane Saida (LIIA, Université Paris XII - s-ziane@yahoo.fr)
Hyon Emmanuel (LORIA, Nancy - hyon@loria.fr)
Jabri Issam (CRAN, Nancy - jabri@cran.uhp-nancy.fr)
Etienne Jean-Paul (CNAM - CEDRIC, Paris - fractralclone@yahoo.com)
Bouzefrane Samia (CNAM - CEDRIC, Paris - samia.bouzefrane@cnam.fr)
Ghanem Nabil (CNAM - CEDRIC, Paris - nabil.ghanem@auditeur.cnam.fr)
Berthelin Joël (CNAM - CEDRIC, Paris - jb@cnam.fr)
Boumerdassi Selma (CNAM - CEDRIC, Paris - boumer@cnam.fr)
Rousseau Pierre (CNAM - CEDRIC, Paris - rousseau@cnam.fr)
Peyre Jean-François (CNAM - CEDRIC, Paris - peyre@cnam.fr)
Kaiser Claude (CNAM - CEDRIC, Paris - kaiser@cnam.fr)
Ait Ali Ahmed (CRAN, Nancy - aitali@cran .uhp-nancy.fr)
Hoffmann Martial (CRAN, Nancy - hoffmann@cran.uhp-nancy.fr)
Georges Jean-Philippe (CRAN, Nancy - georges@cran.uhp-nancy.fr)
Michaut Fabien (CRAN, Nancy - michaut@cran.uhp-nancy.fr)
Holl Thomas (CRAN, Nancy - holl@cran.uhp-nancy.fr)
Juanole Guy (LAAS, Toulouse - juanole@laas.fr)
Bonaventure Olivier (UCL, Belgique - BONAVENTURE@INFO.UCL.AC.BE)
Godary Karen (INSA, Lyon - karen.Godary@insa-lyon.fr)
Filali Fethi (Institut Eurécom - Fethi.Filali@eurecom.fr)
I Thème de la journee:
"Qualité de service dans l'internet et les grands réseaux"
Coordination : Guy Juanole LAAS CNRS
Exposes:
``Généralités sur la QdS''
G.Juanole LAAS-CNRS - Université Toulouse III
``QdS et Routage''
O.Bonaventure Université Catholique de Louvain- Belgique
``QdS et Réseaux sans fil''
F. Filali EURECOM - Sophia-Antipolis
``Adaptation d'applications à la QdS''
F.Michaut CRAN Henri Poincaré - Nancy
L'ensemble des présentations est en ligne sur le site.
La présentation intitulee "QdS et Multidomaines"
par G.Auriol et Ch.Chassot LAAS-CNRS - INSA Toulouse
a été annulée. Un article et les transparents sont
néanmoins diponibles sur le site.
II Prochaine Réunion:
-----------------------
La prochaine journée aura lieu en octobre: date à définir.
Thème : Vérification stochastique
Coordination: Patrice Moreaux
Bonne fin d'année à tous.
Cordialement,
Francoise, Francois
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GRER 2001-2002
Séminaire du Groupe de Recherche sur l’Eugénisme et le Racisme
CERIC - Paris 7 — 2001-2002
9 novembre : Catherine Poulcallec (doctorante Paris 7) : femmes de couleur et femmes blanches dans l’industrie du sexe aux Etats-Unis à la fin du XXe siècle
23 novembre : Marie_Annick Mattioli (Paris 5), le chômage des femmes et l'origine ethnique dans la Grande_Bretagne contemporaine ou la particularité des femmes indiennes.
7 décembre : Gérard Selbach (Paris 5) : les musées amérindiens comme lutte contre l'exclusion
11 janvier : Martine Piquet (Paris 9) : politique raciste anti-Asiatiques en Australie
25 janvier : Hélène Quanquin (Paris 3) : l'avortement et les Afro_Américains: pratiques et enjeux
22 février : Gilbert Pham Thanh (Paris 13) : le corps dandyesque comme objet littéraire : contribution à l’histoire de la répression
8 mars : Neil Davie (Paris 7) : “One of the saddest disfigurements of modern civilisation": Francis Galton and the composite criminal
22 mars : Catherine Collomp (Paris 7) : ”Les sociologues de l'Ecole de Francfort, en exil aux Etats_Unis, étudient l'antisémitisme dans la classe ouvrière américaine, 1944_45"
5 avril : Susan Clayton (Paris 7) : The New Woman, an Evolved Type ?
3 mai : Ellen Gruber Garvey (New Jersey City University) : slave ships after US Civil War ;
Janet Gallagher : "Contemporary Attacks on Black Motherhood in the U.S."
17 mai 2 : Rose May Pham Dinh (Paris 13) : antisémitisme et représentation des Juifs dans la littérature britannique pour enfants avant et pendant la seconde guerre mondiale
7 juin : Francine Tolron (Avignon) : la représentation stéréotypée ou "démonisée" (dans l'iconographie coloniale et les récits de colons) des Maoris en Nouvelle-Zélande
21 juin : Bénédicte Deschamps (Paris 7) : “Now what goes on in that fine Italian brain of yours? Murder?" Les Italo_Americains aux prises avec le stéréotype mafieux.
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Numero Special de
Technique et Science Informatiques (TSI)
sur
GRAPHES DE TERRAIN
Coordinateur
Matthieu Latapy
APPEL A SOUMISSIONS
Date limite : 30 octobre 2008
Thematique.
Dans de nombreux contextes, des grands graphes sont utilises pour modeliser
des systemes d'interactions complexes. Citons notamment en informatique la
topologie de l'internet, les graphes issus du web, ou des echanges pair-a-
pair.
De nombreux cas sont etudies dans d'autres disciplines, comme les reseaux
sociaux, linguistiques, ou biologiques par exemple.
Il y a 10 ans, un resultat fondateur a montre que tous ces graphes ont des
proprietes non-triviales en commun. De plus, ils soulevent des problematiques
scientifiques fortement transversales. Ils sont donc devenus une famille
d'objets d'etude a part entiere, avec leurs questionnements propres.
L'originalite de ce domaine de recherche par rapport a l'algorithmique ou
la theorie des graphes 'classiques' est qu'on part de graphes non definis
formellement, generalement connus uniquement au travers d'une operation de
mesure ; ils sont issus du terrain.
Objectif.
Notre objectif dans ce numero special est d'offrir a la communaute une
tribune de presentation, de synthese, et de discussion de leurs resultats
et idees sur ces themes.
Plus precisement, outre les presentations classiques de resultats de
recherches, nous voulons encourager la presentation et la discussion
d'idees novatrices, qui pourront etre en friche et/ou en rupture avec
les tendances actuelles. Nous sommes donc particulierement ouverts a des
articles presentant et discutant, avec toute la rigueur necessaire, des
idees novatrices.
De facon similaire, nous sommes particulierement ouverts a la soumission
d'articles faisant le lien entre graphes de terrain et d'autres domaines
de l'informatique (par exemple apprentissage automatique, signal, ou
visualisation) ou d'autres disciplines (par exemple sciences humaines,
du vivant, ou du langage).
Nous pensons que de telles contributions sont habituellement difficiles
a publier, et voyons ce numero special comme une opportunite dans ce
sens.
Soumission.
TSI est une revue francophone ; les articles doivent etre rediges en
francais sauf si _aucun_ des auteurs n'est francophone.
Nous n'imposons pas de contrainte de longueur mais celle-ci doit etre
en adequation avec l'apport de l'article.
Les articles seront relus par au moins deux membres du Comite de Lecture
compose de :
Etienne Birmele, CNRS et Universite d'Evry, France
Pierre Borgnat, CNRS et ENS Lyon, France
Jean-Charles Delvenne, Universite Catholique de Louvain, Belgique
Bruno Gaume, CNRS et Universite Toulouse 2 le Mirail, France
Bertrand Jouve, CNRS et Universite Toulouse 2 le Mirail, France
Rushed Kanawati, CNRS et Universite Paris Nord - Paris 13, France
Matthieu Latapy, CNRS et Universite Pierre er Marie Curie - Paris 6, France
Emmanuelle Lebahr, CNRS et Universite Paris Diderot - Paris 7, France
Damien Magoni, CNRS et Universite Louis Pasteur - Strasbourg, France
Guy Melancon, CNRS, Universite Bordeaux 1 et INRIA Bordeaux, France
Christophe Prieur, CNRS et Universite Paris Diderot - Paris 7, France
Oumarou Sie, Universite de Ouagadougou, Burkina-Faso
Laurent Viennot, INRIA Rocquencourt, France
Emmanuel Viennet, CNRS et Universite Paris Nord - Paris 13, France
Sandrine Vial, CNRS et Universite de Versailles, France
Les decisions seront prises sur la base de leurs avis et des discussions
qui en decouleront.
La soumission se fait par envoi de l'article, au format PDF, par courrier
electronique a Matthieu Latapy (Matthieu.Latapy@lip6.fr).
Si vous ne recevez pas de message confirmant sa bonne reception moins d'une
semaine apres envoi, nous vous demandons de nous contacter directement.
Date limite de soumission : 30 octobre 2008.
@@ -0,0 +1,652 @@
MINISTÈRE DE
L’ÉDUCATION NATIONALE
Affaire suivie par : DE4
marie-claude.montagna@ac-paris.fr
Téléphone : 01 44 62 40 82
RECTORAT
DE L’ACADÉMIE
DE PARIS
ENSEIGNEMENT
SCOLAIRE
94 Avenue Gambetta
75984 Paris cedex 20
Tél: 0144624040
Fax : 01 40 30 12 72
Site internet
www.ac-paris.fr
mèl : ce.rectorat@.ac-paris.fr
L’Inspecteur
d’académie,
directeur
des
services
départementaux
de
l’éducation
nationale,
chargé
du
1er
degré
à
Mesdames
et
messieurs
les
directeurs
des
écoles
maternelles
et
élémentaires
s/c
de
Mesdames
et
messieurs
les
Inspecteurs
chargés
de
circonscription
Paris,
le
18
décembre
2007
Circulaire
n°
:
07ANO273
Objet
:
Gestion
des
crédits
pédagogiques
:
les
heures
péri-éducatives
(APE)
Réf
:
Décret
n°
90-807
du
11
septembre
1990.
Lettre
90-2727
du
26/07/1990
RLR
212
-4
La
présente
circulaire
a
pour
objet
de
préciser
le
mode
d’attribution,
le
rôle
de
chacun
et
les
procédures
à
suivre
dans
la
gestion
des
APE
du
1er
degré.
1°
Attribution
Les
activités
pouvant
donner
lieu
à
l’attribution
de
cette
indemnité
concernent
l’accueil
et
l’encadrement
des
élèves
en
dehors
des
heures
de
cours.
Elles
correspondent
à
des
activités
ayant
un
caractère
sportif,
artistique,
culturel,
scientifique
ou
technique,
ou
doivent
contribuer
à
la
mise
en
oeuvre
des
politiques
interministérielles
à
caractère
social.
L’indemnité
est
attribuée
en
priorité
aux
personnels
qui
assurent
l’accueil
des
élèves
dans
les
écoles
en
aménagement
du
temps
de
l’enfant.
En
sont
exclus,
les
travaux
de
suivi
des
élèves,
les
classes
transplantées,
les
réunions
avec
les
parents,
les
activités
déjà
rémunérées
par
les
municipalités
ou
les
associations.
1 /2
Le
nombre
des
indemnités
susceptibles
d’être
versées
étant
limité,
ne
sont
retenues
que
des
activités
présentant
un
caractère
novateur,
dans
le
cadre
du
projet
d’école.
Ce
dernier
doit
contenir
le
volet
relatif
aux
activités
péri-éducatives
et
mettre
en
évidence
leur
pertinence
par
rapport
aux
objectifs
et
leur
cohérence
avec
la
programmation
d’ensemble.
L’attribution
des
heures
péri-éducatives
est
forfaitaire,
elle
est
modulée
en
tenant
compte
de
la
fréquence
des
interventions,
dans
la
limite
de
30APE
par
enseignant
pour
l’année,
50
si
un
même
enseignant
assure
plusieurs
activités.
2°
Répartition
des
APE
La
dotation
est
attribuée
en
début
d’année
civile
comme
tous
les
crédits
pédagogiques
(mise
en
oeuvre
de
la
loi
organique
relative
aux
lois
de
finances
:
LOLF),
après
calcul
des
restes
à
payer
et
selon
les
critères
de
répartition
arrêtés
par
l’Inspecteur
d’académie.
Les
Inspecteurs
chargés
de
circonscription
proposent
à
l’lnspecteur
d’académie
la
liste
des
bénéficiaires
ainsi
que
le
nombre
d’heures
devant
être
attribué
à
chacun
(
voir
tableau
en
annexe
).
3°
Responsabilités
et
procédures
Une
notification
est
adressée
à
l’ICC
précisant
le
nombre
total
maximum
d’heures
alloué
aux
écoles
de
sa
circonscription.
L'ICC
est
responsable
de
l'engagement
des
moyens.
C'est
lui
qui
assure
le
suivi
des
demandes,
veille
à
ce
que
les
écoles
effectuent
les
remontées
nécessaires
en
temps
voulu
et
valide
le
service
fait.
L’'école
établit
et
saisit
les
états
comptables
d'APE
en
trois
exemplaires.
Ces
heures
sont
destinées
uniquement
aux
personnels
enseignants
titulaires
ou
non
titulaires
et
s’attribuent
par
heure
entière.
Les
remontées
au
rectorat
se
font
tous
les
deux
mois.
4°
Calendrier
La
proposition
nominative
2008
se
fait
sur
l’annexe
jointe
à
la
circulaire,
adressée
aux
écoles
dans
la
semaine
du
19
au
23
décembre.
La
validation
des
ICC
et
l’envoi
au
rectorat
pour
décision
de
l’Inspecteur
d’académie
s’effectuent
dans
la
semaine
du
7
au
11
janvier,
date
limite
d’arrivée
au
rectorat.
Après
cette
date,
l’absence
de
réponse
sera
considérée
comme
absence
de
besoins.
L’acceptation
de
l’Inspecteur
d’académie
sera
transmise
dans
la
quinzaine
suivante.
L’attribution
sera
effective
dès
que
le
budget
prévisionnel
concernant
les
crédits
pédagogiques
aura
été
visé
par
le
Trésor
public.
Vous
recevrez
alors
les
états
comptables
APE
2008.
Je
vous
remercie
par
avance
de
votre
collaboration.
Edouard
Rosselet
2 /2
Binary file not shown.
Binary file not shown.
@@ -0,0 +1,80 @@
Un plan de Paris en une page
L'objectif de cette description est de remplacer un plan très simple.
La ville de Paris a une forme arrondie légèrement aplatie, avec une
circonférence d'environ 35 kilomètres, sans compter les bois de Boulogne
et de Vincennes, importantes excroissances situées respectivement à
l'ouest et à l'est. La Seine traverse la ville du sud-est au sud-ouest,
en suivant une large courbe qui passe par le centre. Les principales
voies de communications sont un axe est-ouest qui traverse Paris sur la
rive droite en frôlant la Seine au centre, un axe nord-sud qui traverse
la Seine au même endroit, et plusieurs anneaux concentriques de
boulevards. Enfin, Paris est divisé en 20 arrondissements, numérotés
depuis les plus petits au centre jusqu'aux plus vastes à la périphérie,
en tournant dans le sens des aiguilles d'une montre.
L'axe est-ouest part du bois de Vincennes. Le cours de Vincennes, très
large, aboutit à la place de la Nation. L'axe se poursuit sous d'autres
noms jusqu'à la place de la Bastille, puis jusqu'à la place du Châtelet,
où il coupe l'axe nord-sud. Il longe ensuite le musée du Louvre via la
rue de Rivoli, parallèle à la Seine, et atteint la place de la
Concorde. Tandis que la Seine s'éloigne vers le sud-ouest, l'axe
emprunte les Champs-Elysées jusqu'à la place Charles-de-Gaulle, ou place
de l'Etoile, où se dresse l'Arc de Triomphe. Enfin il sort de Paris à la
porte Maillot, située à l'extrémité nord du bois de Boulogne.
L'axe nord-sud contourne par l'est la colline escarpée de Montmartre,
couronnée par l'église du Sacré-Coeur, passe près des gares du Nord et
de l'Est, et arrive au Châtelet par le boulevard de Strasbourg et le
boulevard de Sébastopol. Il franchit la Seine en traversant l'île de la
Cité, qui porte la cathédrale Notre-Dame, et prend vers le sud le
boulevard Saint-Michel. Après avoir longé le vaste jardin du Luxembourg,
l'axe parvient à la place Denfert-Rochereau et sort de Paris par la
porte d'Orléans.
L'anneau concentrique le plus intérieur commence par le boulevard
Saint-Germain. Il part de la Seine sur la rive gauche au niveau de
l'université de Jussieu, en amont du boulevard Saint-Michel. Il croise
ce boulevard, puis remonte un peu vers le Nord et termine sa course en
rejoignant à nouveau la Seine au niveau de l'Assemblée Nationale. De
l'autre côté du fleuve se trouvent la place de la Concorde et, dans le
prolongement, au bout de la rue Royale, l'église de la Madeleine. De
celle-ci part, vers le nord-ouest, le long boulevard Malesherbes, et
vers le nord-est, un boulevard qui, sous divers noms, longe
l'Opéra. Celui-ci est rejoint peu après par le boulevard Haussman qui
part de la place Charles-de-Gaulle. L'axe prend alors la direction de
l'est, traverse le boulevard de Strasbourg à l'endroit où celui-ci
devient le boulevard de Sébastopol, s'incurve vers le sud en arrivant à
la place de la République, et parvient à la place de la Bastille. De
celle-ci on parvient par le bassin de l'Arsenal à la Seine, presque en
face de l'université de Jussieu.
De la place Charles-de-Gaulle part un autre axe de boulevards vers le
nord, puis le nord-est. Après la place de Clichy, il traverse le
quartier de Pigalle, au pied du versant sud de Montmartre, puis les
voies ferrées de la gare du Nord et de l'Est. Sur la place Stalingrad,
il traverse le canal Saint-Martin, qui vient du bassin de l'Arsenal et
devient le canal de l'Ourcq en continuant vers le nord. L'axe redescend
vers le sud en longeant le cimetière du Père-Lachaise et aboutit à la
place de la Nation.
Sur la rive gauche, un axe équivalent part de la Seine, à l'est, entre
la gare d'Austerlitz et la Grande Bibliothèque, puis passe par la place
d'Italie et la place Denfert-Rochereau. De celle-ci, le boulevard
Raspail s'élance vers le nord-ouest et rejoint le boulevard
Saint-Germain. L'axe, quand à lui, continue vers l'ouest et rejoint le
quartier de Montparnasse au pied d'une tour de bureaux de 200 mètres de
hauteur. Puis il se poursuit par une série de boulevards jusqu'à la
Seine, un peu en aval de la Tour Eiffel, structure métallique haute de
plus de 300 mètres située à l'extrémité de la très longue pelouse du
Champ-de-Mars. De Montparnasse partent aussi, vers le nord, la rue de
Rennes, qui croise le boulevard Raspail avant d'aboutir au boulevard
Saint-Germain devant l'église de Saint-Germain des Prés, et, vers le
nord-ouest, un boulevard qui longe l'hôtel et l'esplanade des Invalides
et atteint la Seine entre la Tour Eiffel et l'Assemblée Nationale.
Enfin, tout Paris, sauf les bois de Boulogne et de Vincennes, est
entouré par un anneau complet de voies ferrées désaffectées et par un
anneau de boulevards, tous deux appelés "Petite Ceinture", ainsi que par
une voie circulaire à grande vitesse, le Boulevard Périphérique.
@@ -0,0 +1,81 @@
PARIS
Eh mec! , c'est Paris.
Tu m'entends ?
P-A-R-I-S, Paris.
Respires le bon air,
Mais fais gaffe quand même.
Tous les jours des mômes meurent
D'en avoir respiré un peu trop.
Alors fais attention et
Marches dans les rues, vas au hasard.
A n'importe quel coin de n'importe quelle rue,
Tu rencontreras n'importe quel type qui te proposera n'importe quoi.
Diamant, si tu en mets,
Mais prends-les dans tes mains
Et jettes-les par terre.
Tu verras,
Ils se brisent comme du verre.
C'est Paris.
A Paris, rien n'est pareil.
Tout a tellement changé,
Que ce n'est même plus une ville,
C'est juste une grande poubelle.
Et la poubelle est pleine depuis si longtemps,
Qu'il n'y a plus de place pour nos déchets à nous.
C'est Paris,
Et à Paris y'a rien à faire.
Juste marcher dans les rues.
Marcher dans les rues pendant qu'il fait jour,
Et attendre.
Attendre qu'il fasse un peu plus chaud,
Qu'il fasse un peu d'amour.
P-A-R-I-S, Paris.
On ne sait pas ce qu'on attend.
Mais ça n'a pas d'importance,
Parce que ça ne viendra pas.
C'est Paris 1984.
Hin ! belle année
Nos parents ? nos parents veulent l'Espagne.
Et qu'est-ce qu'il nous reste à nous ? le Liban ?
Oh, fait trop chaud là-bas.
Remarque, ici, il fait un peu froid.
Mais ça, aucun radiateur au monde n'y peut rien.
Il fait froid dans nos têtes,
C'est pas Tokyo, Londres ou New York ou Amsterdam,
Non, non, c'est Paris.
Et à Paris y'a rien à faire
Paris,
Ville de nos rêves.
La poubelle est pleine depuis si longtemps,
Qu'il n'y a plus de place pour nos déchets à nous.
Il reste rien à faire, juste marcher dans les rues.
Marcher dans les rues et attendre,
Qu'il fasse un peu plus chaud,
Qu'il fasse un peu plus jour,
Qu'il fasse un peu d'amour.
Oh, Paris, ville de nos rêves.
Que dira-tu demain quand tu sera seule, pourrie
Et ruines un peu partout ?
Tu sais comment j'écris ton nom ?
P-A-R-I-S.
Hé ! mec !
Mec, comment t'épelles Paris ?
Paris ? P-A-R-I-S.
Non, non, non, non, non,
Paris, ça s'épelle M-E-R-D-E.
Tu sais, tu devrais trouver quelqu'un
Qui remplisse ton cœur d'amour, ou de calmant.
Enfin de quelque chose
Parce qu'on arrive par erreur, par hasard,
Et trop tard.
Et la poubelle est pleine depuis si longtemps,
Qu'il n'y a plus de place pour nos déchets à nous.
C'est Paris.
Paris, ville de nos rêves.
Et à Paris y'a rien à faire,
Juste marcher dans les rues.
P-A-R-I-S.
Alors marche, et attends...
Attends...attends....
@@ -0,0 +1,44 @@
# Sujet : Structure protéiques locales : analyse et valorisation d’une méthode de prédiction.
# Contexte du stage
La connaissance de la structure tridimensionnelle des protéines est d’une aide décisive pour la compréhension de leurs propriétés fonctionnelles et de leurs rôles biologiques.
De nombreux groupes de recherche ont construit des bibliothèques de fragments (ou alphabets structuraux) pour décrire au mieux l’ensemble des structures locales des protéines connues. Ces alphabets correspondent à un ensemble fini de fragments structuraux [1].
Dans notre laboratoire, une bibliothèque de 120 prototypes (nommés LSP pour Local Structure Prototypes) représentatifs des structures protéiques locales de 11 carbones alpha de long a été développée [2,3]. Pour chacune de ces 120 classes structurales, de fortes dépendances à la séquence en acides aminés ont été mises en évidence. L’exploitation de cette propriété a permis le développement des méthodes novatrices de prédiction de la structure locale des protéines à partir de la séquence en acides aminés [3-5].
# Description du stage
Deux axes de stage sont envisagés :
La valorisation d’un outil de prédiction des structures protéiques locales via une interface web.
L’extension des études à l’exploration de la relation entre prédictibilité des structures locales et flexibilité au sein des structures protéiques globales.
# Compétences souhaitées
Niveau Licence 3 à Master 2 en Informatique ou Bioinformatique.
Une bonne aisance en programmation est requise. Au minimum une maîtrise correcte d’un langage de type C semble essentielle. La connaissance de Python, du XHTML et de PHP sont un plus. Dans le cas contraire, ces langages devront être appris durant le stage.
Des connaissances en bioinformatique sont préférables.
# Lieu
INSERM UMR-S 665, * *Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques (DSIMB), Université Paris Diderot – Paris 7, INTS
6 rue Alexandre Cabanel
75739 PARIS cedex 15
# Contact
Envoyer CV + lettre de motivation à
Aurélie Bornot : aurelie.bornot@univ-paris-diderot.fr
1. Offmann B, Tyagi M, de Brevern AG. Local Protein Structures. Current Bioinformatics 2007;2:165-202.
2. Benros C. Analyse et prediction des structures tridimensionnelles locales des proteines [Analyse de Génomes et Modélisation Moléculaire]. Paris, France: Université Paris 7 - Denis Diderot; 2005. 211 p. (voir http://www.dsimb.inserm.fr/~debrevern/PUB/index.html#RELA)
3. Benros C, de Brevern AG, Etchebest C, Hazout S. Assessing a novel approach for predicting local 3D protein structures from sequence. Proteins 2006;62(4):865-880.
4. Bornot A, Etchebest C, de Brevern AG. A new prediction strategy for long local protein structures using an original description. Proteins 2009 /in press/.
5. http://www.dsimb.inserm.fr/~bornot/
--
Please note my new mail adress : <aurelie.bornot@univ-paris-diderot.fr>
---------------------------------------------------------------------------
Aurelie Bornot
EBGM, INSERM UMR-S 726, DSIMB team
INTS
6, rue Alexandre Cabanel
75739 Paris Cedex 15
FRANCE
--------------------------------------------------------------------------- Website : http://www.dsimb.inserm.fr/~bornot/